Fingerprint-performance 2D in Chemistry PubChem Database

Shereena M. Arif, Fatimah Zawani Abdullah, Nurul Hashimah Ahamed Hassain Malim
dx.doi.org/10.17576/apjitm-2014-0302-05

Abstract

Kajian carian persamaan molekul dalam pangkalan data kimia semakin berkembang terutama dalam bidang penemuan kimia. Carian persamaan merupakan satu aplikasi dalam bidang kimia informatik untuk mengukur persamaan antara struktur molekul yang dikenali sebagai kueri dan struktur sebatian kimia dalam pangkalan data. Carian persamaan juga merupakan salah satu pendekatan dalam penyaringan maya yang melibatkan teknik pengkomputeran dan penskoran kebarangkalian aktiviti. Objektif utama kajian adalah untuk menentukan fingerprint terbaik berbanding lima fingerprints lain yang dipilih dalam kajian ini menggunakan pangkalan data kimia PubChem.Artikel ini akan membincangkan proses carian persamaan yang dijalankan menggunakan 6 jenis pemerihal iaitu ECFP4, ECFC4, FCFP4, FCFC4, SRECFC4 dan SRFCFC4 ke atas 15 kelas aktiviti dalam set data PubChem menggunakan pekali persamaan Tanimoto untuk mengira persamaan antara struktur kueri dengan setiap struktur pangkalan data. Hasil kajian mendapati ECFP4 menunjukkan prestasi yang terbaik untuk digunakan dengan pekali persamaan Tanimoto dalam set data PubChem.

keyword

Fingerprints 2D, Tanimoto, PubChem, Carian Persamaan dan Kimia Informatik.

Area

Pattern Recognition